加熱のメリット・デメリット

食品を加熱すべきかどうかについては議論があるところで、はっきりしたデータはありません。

食品を加熱する

メリット
①　味　：　柔らかく、食べやすくなります。
②　吸収　：　栄養素を吸収しやすくなります。これにより、栄養効率が高まり、脳の発達が促されたという説も。
③　殺菌　：　ほとんどの寄生虫や病原菌を殺せるため、安全性が高くなります。
④　毒素の不活化　：　動物、植物問わず、多かれ少なかれ身を守るための毒素を持っており、それを不活性化できます。
⑤　栄養素活性化　：　一部の栄養素は加熱で活性が増えます

デメリット
①　破壊　：　栄養素が熱で破壊されて、減ってしまいます。
②　変性　：　AGE（終末糖化産物）やアクリルアミドができるので、老化の原因になるかも？
③　食べ過ぎになりやすい　：　同じ材料での満腹感は下がります。

といったところでしょうか。
日本食は基本的に加熱処理ですが、江戸時代の肥料が糞尿であったという事情を考えると当然でしょう。
衛生状態の改善された現代でも、メリットは多いですし、安全性を考えると原則、加熱で良いと思います。
栄養素の破壊、変性を嫌って、最終的に一切の加熱をしなかった人たち（二木謙三、甲田光雄、他）もいますが、一般人はあまり気にせずに、両方バランス良く食べれば良いと思います。

加熱も、蒸す、煮る中心に、比較的低温の料理を心がければ、デメリットを減らせます。
あと、食品の種類にもよるので、一般的な調理法から外れない方法であれば問題ないはずです。